Les scientifiques identifient une variante génétique qui double le risque de décès par « Covid-19 » !

Le gène LZTFL1 et Covid-19

Les chercheurs ont identifié une version du gène qui double le risque d’infection d’une personne par le virus grave « Covid-19 » et double le risque de décès par maladie pour les personnes de moins de 60 ans.

Le gène LZTFL1 est impliqué dans la régulation des cellules pulmonaires en réponse à une infection. Lorsque la version dangereuse du gène est présente, il semble que les cellules qui tapissent les poumons ne font rien pour se protéger de l’infection par le coronavirus SARS-CoV-2.

La version génétique qui augmente le risque d’infection par “Covid-19” est présente chez 60% des personnes d’origine sud-asiatique, 15% des personnes d’origine européenne, 2,4% des personnes d’origine africaine et 1,8% des personnes d’origine africaine. descente Asie de l’Est.

“C’est l’un des signaux génétiques les plus répandus, c’est donc le coup génétique le plus important de Covid”, a déclaré James Davies, professeur de génomique à l’Université d’Oxford et l’un des leaders de la nouvelle recherche.

Aucun gène ne peut expliquer à lui seul tous les aspects du risque d’une personne de contracter une maladie comme la COVID-19. De nombreux facteurs jouent un rôle, a déclaré Davis à Live Science.

Ces facteurs comprennent l’âge, d’autres problèmes de santé et le statut socio-économique, qui peuvent affecter le degré d’exposition d’une personne et la qualité des soins de santé qu’elle reçoit lorsqu’elle est malade.

L’Inde, par exemple, a souffert de la surpopulation des hôpitaux pendant le boom du Delta, et le pays a également des taux de prévalence élevés de diabète de type 2 et de maladies cardiaques, qui ont joué un rôle important dans le taux de mortalité de sa population. Mais la version risquée de LZTFL1 semble avoir un effet notable. À titre de comparaison, chaque décennie entre 20 et 60 ans double le risque pour une personne de contracter un Covid-19 sévère.

Cela signifie que porter la version risquée du gène LZTFL1 « équivaut à peu près à avoir 10 ans de plus, en fait, à risquer de contracter Covid », a déclaré Davies.

Les chercheurs ont d’abord stabilisé ce gène à l’aide d’une étude d’association à l’échelle du génome (GWAS). Ils ont comparé les génomes d’un groupe de patients atteints de COVID-19 sévère – défini comme une insuffisance respiratoire – avec les génomes d’un groupe témoin de participants qui n’avaient aucun signe d’infection ou d’antécédents de symptômes légers.

Cette étude a révélé un groupe de gènes qui étaient plus répandus chez les patients gravement atteints par rapport au groupe témoin.

Savoir lequel de ces gènes confère réellement un risque accru n’était pas facile, a déclaré Jim Hughes, professeur de régulation génique à l’Université d’Oxford qui a codirigé l’étude.

Hughes a déclaré que les différences dans les gènes sont souvent héritées en tant que cluster, ce qui rend difficile de démêler toute variation particulière responsable du résultat. Bien que les séquences génétiques se trouvent dans chaque cellule du corps, elles n’affectent que quelques types de cellules.

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Enfin, les séquences génétiques que les chercheurs essayaient de comprendre n’étaient pas les gènes simples et directs qui fournissent le modèle d’une protéine. Au lieu de cela, elles ont été appelées régions amplificatrices – des séquences non codantes qui régulent la façon dont d’autres gènes sont exprimés.

L’amplificateur est un peu comme un interrupteur, a déclaré Hughes, activant et désactivant les gènes cibles, puis de haut en bas à différents moments dans différents tissus.

Les séquences amplificatrices sont également très complexes et, pour ne rien arranger, elles ne sont souvent pas proches des gènes qui les régulent. Imaginez que tout l’ADN est cajolé, comme des brins enchevêtrés, à l’intérieur du noyau cellulaire : les activateurs doivent être en contact avec les gènes qui les contrôlent dans ce fouillis de boules, ce qui signifie que si vous étirez l’ADN, le gène mute.

Pour résoudre le problème, les chercheurs se sont tournés vers l’apprentissage automatique, qui peut faire des prédictions sur la fonction d’un activateur et le type de cellule dans laquelle il se trouve en fonction de sa séquence d’ADN. Hughes a déclaré que cette méthode d’IA illuminait un activateur particulier “comme un arbre de Noël”.

Les chercheurs s’attendaient à ce que sa séquence amplificatrice risquée soit celle qui affecte les gènes proches du système immunitaire, mais ont été surpris de découvrir que leur candidat fonctionne plutôt dans les cellules pulmonaires.

L’étape suivante consistait à découvrir quel gène l’amplificateur contrôle. Les chercheurs ont utilisé une technique appelée Micro Capture-C, qui permet une cartographie très détaillée des enchevêtrements d’ADN dans le noyau cellulaire. Ils ont découvert que l’amplificateur contactait un seul gène : LZTFL1.

Ce fut une découverte passionnante. La recherche GWAS renvoie généralement des dizaines ou des centaines de gènes qui affectent un résultat donné.

LZTFL1 n’a pas été bien étudié auparavant, mais des recherches antérieures ont révélé peu de choses sur la protéine qu’il code, qui est impliquée dans la chaîne complexe de signalisation et de communication autour de la cicatrisation des plaies. Dans le contexte de l’infection et de l’inflammation, de faibles niveaux de LZTFL1 favorisent la transition de certaines cellules pulmonaires spécialisées vers un état moins spécialisé. Des niveaux plus élevés de LZTFL1 ralentissent cette transmission.

La transmission se produit certainement chez les patients atteints de Covid-19 sévère. L’équipe de recherche a examiné des biopsies pulmonaires de personnes décédées de « Covid » et a découvert que leurs poumons étaient tapissés de vastes zones de ces cellules non spécialisées. Mais contrairement à ce qui est attendu, l’opération peut être une tentative des poumons de se protéger.

Ce n’est pas encore certain, a déclaré Davies, mais les cellules pulmonaires non spécialisées ont moins de récepteurs ACE2, qui sont les poignées de porte que le SRAS-CoV-2 utilise pour entrer dans les cellules. Il est possible que des cellules non spécialisées soient mieux protégées contre le détournement par le virus.

Cela signifie que chez les personnes ayant plus d’expression de LZTFL1, ce déclin protecteur est ralenti, permettant au virus de détruire les poumons plus efficacement avant que les cellules ne puissent se protéger sous une nouvelle forme. Des recherches plus directes sur les lésions pulmonaires sont nécessaires pour le prouver, a déclaré Davies.

Hughes a déclaré que la découverte de l’importance de LZTFL1, rapportée le 4 novembre dans la revue Nature Genetics, pourrait conduire à de nouvelles recherches sur les traitements COVID-19.

Source : Alerte scientifique